Одним из главных преимуществ систем ООО «ЭкоДом-Енисей» является автоматика, которая делает возможным совместную работу сложных механизмов,  различных датчиков качества воздуха и системы управления.

До 2015 года в качестве основного протокола связи использовался RS-485. С декабря 2015 года перешли на CIN.

Автоматика управляет работой системы вентиляции и воздушного отопления по датчикам температуры, влажности, CO2, CO, программируется по времени, возможны комбинированные программы, такие, как, например, программа удаления избыточного тепла. На сегодняшний день в системе автоматики ООО «ЭкоДом-Енисей» возможно использовать до 26 датчиков и газоанализаторов одновременно для создания оптимального микроклимата.